Antes de la llegada de los españoles la peninsula de Baja California estuvo habitada por grupos indígenas nómadas como los pericúes en la región sur, los guaycuras en el centro, los cochimíes en la parte norte y algunos otros clanes hasta hoy desconocidos. Lo anterior queda de manifiesto con las pinturas rupestres que se han descubierto en las zonas montañosas de todo el territorio.

En 1534 tuvo lugar el primer encuentro de los peninsulares con el español Fortún Jiménez de Bertadoña, quien desembarcó en este territorio y junto con su tripulación se dedicó a buscar perlas.

En 1535, con tres embarcaciones, 113 peones y 40 jinetes, el descubridor Hernán Cortés desembarcó en esta tierra, dándole el nombre de Bahía de la Santa Cruz, en honor a la fecha de su llegada. Fundó una colonia que no prosperó y debido a las constantes hostilidades con los indígenas, partió para exiliarse en el Puerto de Acapulco.

En 1596, por acuerdo del Rey de España, Sebastián Vizcaíno fue comisionado para explorar la Baja California, desembarcando en la bahía de Santa Cruz la que rebautizó con el nombre de La Paz. Sin embargo, la verdadera conquista espiritual en este territorio tendría lugar hasta 1697 con la llegada del jesuita Juan María Salvatierra, quien fundó la primera misión dedicada a Nuestra Señora de Loreto.

En el transcurso de los 70 años que permanecieron en la peninsula, 59 padres establecieron 18 misiones, efectuando una extraordinaria labor que sentó las bases del desarrollo de este territorio.

Hasta 1804 las Californias son divididas y se establece un gobierno independiente en cada una de ellas: La Alta en el Puerto de Monterrey y el sur en el pueblo de Loreto.

En 1830 la ciudad de La Paz fue designada como capital, en sustitución de Loreto que habia sido destruida por fuertes temporales. Sería hasta el año de 1888 cuando el presidente Porfirio Díaz ordena la división de Baja California en dos.

En 1974 la Cámara de Senadores emitió el dictamen para aprobar el decreto presidencial por el cual el territorio de Baja California Sur pasó a ser estado libre y soberano.